Een Warehouse Execution System stuurt de processen (workflow) in een magazijn nog meer dan een WMS of een WCS. Waar een WMS bepaalt welke bewegingen uitgevoerd moeten worden en een WCS een geautomatiseerd (deel-)systeem aanstuurt, kan een WES het werk over het gehele systeem verdelen. 

Op basis van het aanwezige werk (bewegingen / opdrachten uit het WMS), de kenmerken van het werk en de deelsystemen en de status van de deelsystemen, kan een WES beslissingen nemen. Deze beslissingen kunnen ervoor zorgen dat het werk naar een ander deelsysteem gestuurd wordt of dat de vrijgave vervroegd, danwel vertraagd wordt. 

Belangrijk voor het goed functioneren van een WES, is dat het beschikt over accurate informatie. Met name voor de status van de deelsystemen kan dit een uitdaging zijn. 

Een WES is afgeleid van een Manufacturing Execution System (MES) waarbij de workflow in een productieomgeving aangestuurd / verdeeld wordt.