Een Warehouse Control System (WCS) of Material Flow Control (MFC) is een besturingslaag tussen het WMS en een geautomatiseerd systeem.

Een WMS bepaalt welke bewegingen uitgevoerd moeten worden. Een extern ‘systeem’ voert deze bewegingen uit en WMS registreert het resultaat. Dit systeem kan een persoon zijn die via een scanner direct met het WMS communiceert, maar het kan ook een geautomatiseerd systeem zijn, dat bijvoorbeeld pallets van A naar B beweegt. 

Als het geautomatiseerde systeem wat complexer is, bijvoorbeeld met alternatieve routes of beperkte capaciteit, dan moet de vrijgave en de volgorde van de bewegingen aangestuurd worden. Het aansturen van het totale geautomatiseerde systeem wordt door een Warehouse Control System gedaan. 

Waar een WMS de operationele aansturing op dag(deel) niveau doet, moet het WCS de aansturing realtime uitvoeren.