Een Enterprise Resource Planning (ERP) beheert net als een WMS de voorraad van een bedrijf. Het belangrijke verschil is dat een ERP dit niet op locatieniveau doet. 

Een ERP houdt het voorraadniveau in de gaten en zorgt ervoor dat er op tijd nieuwe voorraad besteld danwel geproduceerd wordt. Dit is meer op inkoop, verkoop en planning gericht, dan op aansturing van magazijnprocessen. 

Omdat zowel het WMS als het ERP voorraad beheren, is het van belang dat de systemen goed op elkaar afgestemd zijn. Veelal communiceren beide systemen via EDI met elkaar zodat orders van het ERP naar het WMS gestuurd kunnen worden en dat de handelingen in het WMS voor (status-)aanpassingen in het ERP zorgen. 

Een grote uitdaging is vaak om de voorraad in beide systemen met elkaar te vergelijken. Het moment van voorraadmutatie is niet altijd gelijk en het vinden van een moment waarop alle transacties verwerkt zijn, is ook vaak lastig.